Function、Object：Js自带的函数对象。
prototype,每一个函数对象都有一个显示的prototype属性,它代表了对象的原型(Function.prototype函数对象是个例外，没有prototype属性)。
__proto__:每个对象都有一个名为__proto__的内部隐藏属性，指向于它所对应的原型对象(chrome、firefox中名称为__proto__，并且可以被访问到)。原型链正是基于__proto__才得以形成(note：不是基于函数对象的属性prototype)。
关于上面提到的函数对象，我们来看以下例子，来说明：

var o1 = {};
 var o2 =new Object();
 
 function f1(){}
 var f2 = function(){}
 var f3 = new Function('str','console.log(str)');
 
 f3('aabb'); // aabb
 console.log('typeof Object:'+typeof Object); //function
 console.log('typeof Function:'+typeof Function); //function
 console.log('typeof o1:'+typeof o1); //object
 console.log('typeof o2:'+typeof o2); //object
 console.log('typeof f1:'+typeof f1); //function
 console.log('typeof f2:'+typeof f2); //function
 console.log('typeof f3:'+typeof f3); //function

• 通常我们认为o1、o2是对象，即普通对象；f1、f2、f3为函数。
• 但是其实函数也是对象，是由Function构造的，
• f3这种写法就跟对象的创建的写法一样。f1、f2最终也都像f3一样是有Function这个函数构造出来的
• f1、f2、f3为函数对象，Function跟Object本身也是函数对象。

       Js中每个对象(null除外)都和另一个对象相关联，通过以下例子跟内存效果图来分析Function、Object、Prototype、__proto__对象间的关系。

function Animal(){
 
 }
 var anim = new Animal();
 
 console.log('***********Animal anim proto*****************');
 console.log('typeof Animal.prototype:' +typeof Animal.prototype); //object 
 console.log('anim.__proto__===Animal.prototype:'+(anim.__proto__===Animal.prototype)); //true
 console.log('Animal.__proto__===Function.prototype:'+(Animal.__proto__===Function.prototype)); //true
 console.log('Animal.prototype.__proto__===Object.prototype:'+(Animal.prototype.__proto__===Object.prototype)); //true
 
 console.log('***********Function proto*****************');
 console.log('typeof Function.prototype:'+typeof Function.prototype); //function
 console.log('typeof Function.__proto__:'+typeof Function.__proto__); //function
 console.log('typeof Function.prototype.prototype:'+typeof Function.prototype.prototype); //undefined
 console.log('typeof Function.prototype.__proto__:'+typeof Function.prototype.__proto__); //object
 console.log('Function.prototype===Function.__proto__:'+(Function.prototype===Function.__proto__)); //true
console.log('***********Object proto*****************');
 console.log('typeof Object.prototype:'+typeof Object.prototype); //object
 console.log('typeof Object.__proto__:'+typeof Object.__proto__); //function
 console.log('Object.prototype.prototype:'+Object.prototype.prototype); //undefied
 console.log('Object.prototype.__proto__===null:'+(Object.prototype.__proto__===null)); //null
console.log('***********Function Object proto关系*****************');
 console.log('Function.prototype===Object.__proto__:'+(Function.prototype===Object.__proto__)); //true
 console.log('Function.__proto__===Object.__proto__:'+(Function.__proto__===Object.__proto__)); //true
 console.log('Function.prototype.__proto__===Object.prototype:'+(Function.prototype.__proto__===Object.prototype)); //true
/********************* 系统定义的对象Array、Date ****************************/
 console.log('**************test Array、Date****************'); 
 var array = new Array();
 var date = new Date();
 console.log('array.__proto__===Array.prototype:'+(array.__proto__===Array.prototype)); //true
 console.log('Array.__proto__===Function.prototype:'+(Array.__proto__===Function.prototype)); //true
 console.log('date.__proto__===Date.prototype:'+(date.__proto__===Date.prototype)); //true
 console.log('Date.__proto__===Function.prototype:'+(Date.__proto__===Function.prototype)); //true

Function、Object、Prototype、__proto__内存关系图

上面的内存图跟堆栈结构可以参照文章Javascript_01_理解内存分配。
        堆区图说明：

console.log('**************constructor****************');
console.log('anim.constructor===Animal:'+(anim.constructor===Animal)) ; //true
 console.log('Animal===Animal.prototype.constructor:'+(Animal===Animal.prototype.constructor)) ; //true
 console.log('Animal.constructor===Function.prototype.constructor:'+(Animal.constructor===Function.prototype.constructor)); //true
 console.log('Function.prototype.constructor===Function:'+(Function.prototype.constructor===Function)); //true
 console.log('Function.constructor===Function.prototype.constructor:'+(Function.constructor===Function.prototype.constructor)); //true
console.log('Object.prototype.constructor===Object:'+(Object.prototype.constructor===Object)); //true
 console.log('Object.constructor====Function:'+(Object.constructor===Function)); //true

 prototype、constructor内存关系图(在Function、Object、Prototype关系图上加入constructor元素)：